与常规施肥方法相比，通过灌溉系统施肥有以下优点:
①提高肥料的利用率。
水肥被直接输送到根系土壤，可充分保证养分的有效供给和根系的快速吸收。因水肥溶液在土壤中均匀分布，使得养分分布高度均匀，提高了根系的吸收效率。对微灌而言，由于湿润范围仅限于根系集中的区域及水肥溶液最大限度地均匀分布等原因，施肥效率大大提高。由于微灌的流量小，相应地延长了作物吸收养分的时间。在滴灌下，含养分的水滴缓慢渗入土壤，根区土壤水分饱和后立即停止灌水，因此可以减少养分向深层土壤的渗漏，特别是硝态氮的淋失。传统上施肥和灌溉都是分开进行的，肥料施入土壤后，由于没有及时灌水或灌水量不足，肥料存在于土壤中，根系并没有充分吸收。在灌溉时土壤可以达到水分饱和，但灌溉的时间很短，因此根系吸收养分的时间也短。在田间滴灌施肥系统下种植番茄，氮的利用率可达90%，磷达到70%，钾达到95%。肥料利用率的提高意味着施肥量的减少，从而节省了肥料。
②节省施肥劳力，特别对蔬菜和大棚内栽植的作物尤为明显。
在果树栽培中，水肥管理耗费大量的人工。如华南的香蕉生产，有些产地的年施肥次数达-5次之多。每次施肥要挖穴或开浅沟，施肥后要灌水。利用设施灌溉施肥后水肥同步管理，可节省大量劳力。作者在深圳西丽果场 调查发现，采用滴灌施肥后可节省人工95%以上。现在劳动力价格越来越高，应用灌溉施肥技术可以显著节约生产成本。
③灵活、方便、准确地控制施肥数量和时间。
根据作物营养规律有针对性施肥，做到缺什么补什么，实现精确施肥。例如果树在抽梢期，主要需要氮；在幼果期，需要氮、磷、钾等多种养分；在果实发育后期，钾的需求量增加。可以根据作物的营养特点，拟定各个时期的配方，为作物提供完全营养。根据灌溉的流量和时间，可以准确计算每株树或单位面积所用的肥料数量。
④施肥及时，养分吸收快速。
对于集约化管理的农场或果园，可以在很短时间内完成施肥任务，作物生长速率均匀一致，有利于合理安排田间作业。作者对深圳西丽果场的荔枝滴灌施肥时间调查表明，52ha荔枝采用灌溉施肥1人24小时可完成，而以往人工操作情况下需32人1个星期完成。
⑤有利于应用微量元素。
金属微量元素通常应用螯合态，价格较贵，而通过微灌系统可以做到精确供应，提高肥料利用率，降低施用成本。
⑥改善土壤环境状况。
微灌灌水均匀度可达90%以上，克服了畦灌可能造成的土壤板结。微灌可以保持良好的水、气状况，基本不破坏原有的土壤结构。由于土壤蒸发量小，保持土壤湿度的时间长，土壤微生物生长旺盛，有利于土壤养分转化。
⑦采用微灌施肥方法可使作物在边际土壤条件下正常生长。
如砂地或砂丘因持水能力很差，水分几乎没有横向扩散，传统的浇水容易深层渗漏，通常作物很难正常生长。采用微灌施肥技术，可保证作物在这些条件下正常生长。国外已有利用先进的滴灌施肥技术开发沙漠、进行商品化作物栽培的成功经验。以色列在南部沙漠地带广泛应用微灌施肥技术生产甜椒、番茄、花卉等，成为冬季欧洲著名的 “菜篮子”基地。
⑧应用微灌施肥可以提高作物抵御风险的能力。
近几年来，华南许多地区干旱持续时间长，应用微灌施肥的地块丰产、稳产，而人工灌溉地块成苗率低，产量低。微灌施肥的作物由于长势好，相对提高了作物的抗逆境能力。
⑨采用灌溉施肥技术有利于保护环境。
我国目前单位面积的施肥量居世界前列，肥料的利用率较低。由于不合理地施肥，造成肥料的极大浪费。大量肥料的流失造成部分地区地下水污染和江河湖泊的富营养化。通过控制灌溉深度，可避免将化肥淋洗至深层土壤，尤其是硝态氮的淋溶损失可以大幅度减少，从而避免或减轻土壤和地下水的污染。
⑩灌溉施肥中水肥相互作用，发挥水肥的最大效益，显著减少了水的用量。
灌溉施肥技术的采用有利于实现标准化栽培，灌溉施肥技术是现代农业中的一个重要技术措施。在一些地区的作物标准化栽培手册中，已将灌溉施肥作为标准技术措施推广。
灌溉施肥的局限性：
①一次性投资较大。根据近几年的灌溉设备和施肥设备市场价格估计，大田采用灌溉施肥一般每亩设备投资300~1000元之间，而温室灌溉施肥的投资比大天高。
②灌溉施肥对管理有一定要求，管理不善，容易导致滴头堵塞。
③用于灌溉的肥料对溶解度有较高要求。
④在干旱、半干旱地区，由于灌溉施肥通常只湿润部分土壤，根系的生长可能只局限在灌水器的湿润区，有可能限制根系生长，使植株矮小。
⑤长期应用微灌施肥，特别是滴灌施肥，容易造成湿润区边缘的盐分累积。我国南方地区不存在这个问题。
⑥发生特殊情况如事故、停电等，系统内有时会产生回流，污染灌溉水源。
